2003年至2005年，福建省普通高考继续实行“3＋文科综合／理科综合”的科目设置方案，即人们俗称的“3＋小综合”。
从2003年开始，文史、理工类考生可以兼报提前单独招生批音乐、美术类院校，这类考生必须参加其所报考院校的专业考试且专业考试成绩合格。在此之前，只有文史类的考生才能报考音乐、美术类院校。但是，提醒考生们注意，截至目前获得的消息，提前批除外的音乐、美术类院校仍只限于文史类考生报考。提前批的音乐、美术类院校绝大多数都是省外院校。
2003年普通高校体育专业招生身体素质考试项目为：100米跑、立定三级跳远、原地推铅球、800米跑。